Erste Besiedelungen gab es bereits zu Zeiten der Kelten in der Region um Coimbra.
Die Römer gründeten hier einen Ort Namens Aeminium. Während der Herrschaft der Römer spielt die Stadt eine wichtige Rolle auf der Handelsroute Braga – Lissabon.
711 nahmen die muslimischen Mauren die Stadt ein.
1064 erobert Fernando de Castilla y León die Stadt zurück.
Nach der Gründung des Königreiches Portugal 1139, wurde Coimbra Hauptstadt. Es behielt diesen Status bis 1256. Ab 1256 war Lissabon die neue Hauptstadt Portugals.
Ab dieser Zeit nahm die Bedeutung von Coimbra stetig ab. 1290 gründete König Dom Dinis die Universität von Coimbra, damals allerdings noch mit dem Hauptsitz in Lissabon. es ist damit die älteste Universität Portugals.
1544 ließ sich die Universität schließlich im Königspalast in Almedina oder Alta der Stadt nieder. Der endgültige Erwerb des Gebäudes durch die Universität fand erst 1597 statt.
Am 1. Januar 1911 wurde in Coimbra eine Straßenbahn eingeweiht. Eine der ersten in Portugal.
Heute beherbergt die Stadt ein großes architektonischem, kulturellem und natürliches Erbe, was nicht nur für Coimbra selbst, sondern auch für Portugal ein wichtiges Erbe der Geschichte ist.