Bereits zur Steinzeit war die Region Lissabon an der Mündung des Tejo nördlich der Halbinsel Setúbal besiedelt.
Spuren aus dieser Zeit, wie Menhire und Dolmen, sind in der gesamten Region verstreut. Bereits rund 1.200 Jahre vor Christus trieben ihre Bewohner Handel mit phönizischen Seefahrern, die sich in der Stadt niederließen.
Etwa 300 Jahre v. Chr. besetzten die Karthager, Nachkommen der Phönizier, einen Teil der Küste, der auch die Region Lissabon umfasste und blieben dort, bis sie nach den Punischen Kriegen von den Römern vertrieben wurden.
Mit dem Untergang des Römischen Reiches fiel Lissabon an die Westgoten und 719 an die muslimischen Mauer.
Bis 1147 blieb Lissabon in muslimischer Hand, bevor es vom christlichen König Alfons I. erobert wurde.
Durch seine privilegierten Lage an der Tejo-Mündung, war Lissabon früh einer der wichtigste Handelsplätze in Europa.
Im 15. und 15. Jahrhundert starten hier großer Seefahrer um die Welt zu erkunden. Einer davon war Vasco da Gama.
Der Reichtum sorgte im Mittelalter für den Bau zahlreicher Kirchen, Klöster und extravaganten anderen Bauten. Das Glück dauert bis zum großen Erdbeben von 1755, bei dem die Stadt fast vollständig zerstört wurde. Nicht durch das Erdbeben selber, sondern durch den folgenden Großbrand und den Tsunami nach dem Beben.
In der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts fing Lissabon an sich zu modernisieren. Es entstanden Cafés und schicke Geschäfte.
Am 5. Oktober 1910 wurde vom Rathaus in Lissabon die 1. Portugiesische Republik ausgerufen. Nach 771 Jahren endete damit die Monarchie in Portugal.
Im zweiten Weltkrieg blieb die Stadt, dank der Neutralität Portugals, verschont. Wurde aber zum Treffpunkt zahlreicher Spione.
Im April 1974 war Lissabon das Zentrum der Nelkenrevolution.