Vitoria-Gasteiz blickt auf eine lange Geschichte zurück. Erste Ansiedlungen gab es bereits im 6. Jahrhundert. Damals hieß der Ort noch Victoriacum („Siegesstadt“).
Die eigentliche Gründung der Stadt fällt auf das Jahr 1181 zurück. Damals gründete König Sancho VI. von Navarra die Stadt und gab ihr einen Vor- und Nachnamen.
Der Name Gasteiz, stammte von einem kleinen Dorf, das damals neben Vitoria auf einem Hügel lag.
Im 16. Jahrhundert war Vitoria-Gasteiz die Zollgrenze zwischen dem Baskenland und Kastilien. Es wurde Zoll auf allerlei Waren, wie Leder, Holz oder Wolle erhoben.
Im 18. Jahrhundert, durch den Erbfolgekrieg der spanische Könige, verschoben sich die Zollgrenzen und Vitoria-Gasteiz verlor die Einnahmen.
Im 19. Jahrhundert setze im Baskenland die Industrialisierung ein, von der Vitoria-Gasteiz nicht profitierte.
Es blieb eine Gegend, die überwiegend von der Landwirtschaft geprägt war.
1936 während des Militärputsches, viel Vitoria-Gasteiz früh an das Franco Regime.
Die neu proklamierte baskische Republik versuchte die Stadt ohne Erfolg zurück zu erobern, was erfolglos blieb.
Seit 1980 ist Vitoria-Gasteiz die Hauptstadt des Baskenlandes.