Die Entstehung Faros geht auf das 8. Jahrhundert zurück. Damals hieß die Stadt noch Ossónoba und war eher ein Handelsposten.
Faro wurde 713 n. Chr . von den Mauren erobert , die dort eine Festung errichteten. Mit dem Verschwinden der Mauren ändert sich auch der Name in Santa Maria do Oeste.
Nach der Unabhängigkeit Portugals im Jahr 1143 begannen der erste König von Portugal, D. Afonso Henriques, und seine Nachfolger mit der Expansion des Landes nach Süden und eroberten die von den Mauren besetzten Gebiete zurück.
Nach der Eroberung der Stadt durch D. Afonso III im Jahr 1249 nannten die Portugiesen die Stadt Santa Maria de Faaron oder Santa Maria de Faaram.
In den folgenden Jahrhunderten wurde der Handel in Faro ausgebaut. Vor allem das Salz brachte der Stadt Reichtum.
1499 errichtete König D. Manuel I. das Igreja do Espírito Santo Krankenhaus in der Stadt.
Durch das schwere Erdbeben von 1755 erlitt auch Faro große Schäden. Der Wiederaufbau ging nur schleppend voran.
Einen großen wirtschaftlichen Erfolg brachte der Tourismus in den letzten Jahrzehnten.